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PLUS
Estudio Genético
de la Epilepsia
Estudio mediante secuenciación masiva de la epilepsia de
causa genética.
La epilepsia es un trastorno cerebral crónico caracterizado por la presencia de crisis epilépticas de repetición, en
el que se han identificado alteraciones genéticas causales en hasta el 40% de los casos. Dado que la epilepsia
generalizada idiopática puede presentarse como el resultado de la combinación de múltiples factores genéticos
que confieren un incremento en el riesgo de desarrollar epilepsia o como consecuencia de mutaciones en un solo
gen, el diagnóstico genético presenta una alta complejidad.
ExoNIM®PLUS epilepsia esta dirigido a la identificación de mutaciones en genes implicados en epilepsias
de carácter hereditario o que ocurren “de novo” en un determinado paciente y en los que se han identificado
variantes patogénicas responsables de las diversas formas clínicas (Tabla 1)(1,2).
Se estima que hasta el 2% de las epilepsias generalizadas idiopáticas son debidas a mutaciones en un solo gen.
Sin embargo, estos porcentajes son muy variables en función del tipo de epilepsia y aumentan por encima del
50% en determinadas categorías, como las convulsiones benignas familiares neonatales e infantiles ó la epilepsia
generalizada con convulsiones febriles plus, entre otras.
Indicaciones para la realización del Estudio Genético:
1. Confirmación molecular de un diagnóstico clínico reduciendo significativamente los procedimientos diagnósticos.
2. Optimización del tratamiento y el manejo clínico del paciente epiléptico en base al origen de su enfermedad.
3. Identificación de familias portadoras de mutaciones específicas a través del estudio de un miembro afecto.
Descripción técnica
Para asegurar una representatividad completa de las regiones de interés clínico a nivel de exones y regiones
intrónicas adyacentes en los 122 genes incluidos en este panel, se ha desarrollado ExoNIM®plus epilepsia, una
aproximación que combina las tecnologías AmpliSeqTM, Ion AmpliSeqTMExome y secuenciación sanger, asegurando
una profundidad media de lectura superior a 100 lecturas y una cobertura media del 98,3% en los 122 genes
incluidos en este estudio.
La secuenciación de las librerías se realizará en un secuenciador masivo de última generación Ion ProtonTM (Life
Technologies) que proporciona una alta uniformidad en la cobertura con más del 90% de los amplicones cubiertos con
más de 20 lecturas. Las lecturas obtenidas con el secuenciador se analizarán usando el sistema integrado Torrent Suite.
Interpretación clínica
La descripción de las variantes identificadas, su categorización en las cinco categorías funcionales recomendadas
por el colegio Americano de Medicina Genética y Genómica (ACMG), variantes patogénicas, probablemente
patogénicas, de significado incierto, probablemente benignas o benignas, y la interpretación clínico biológica de
los hallazgos serán especificados en un informe clínico emitido por nuestros profesionales acreditados en Genética
Humana. Bajo petición se proporcionarán los archivos correspondientes a los datos de secuenciación.
Referencias
(1) Pong et al., (2011) Pediatr Neurol 44:317-327
(2) Epi4K Consortium (2013) Nature 12;501(7466):217-21.
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Estudio Genético
de la Epilepsia
Tabla 1: Tipos de epilepsia y síndromes incluidos en ExoNIM®plus epilepsia
Epilepsia no sindrómica
Convulsiones neonatales-infantiles benignas
familiares
KCNQ2, KCNQ3, SCN2A, PRRT2
Encefalopatía epiléptica infantil de inicio precoz
y/o espasmos infantiles (síndromes de West,
Ohtahara y Dravet)
ARX, CDKL, SLC25A22**, STXBP1*, SPTAN1, SCN1A, KCNQ2, ARHGEF9,
PCDH19*, PNKP**, SCN2A, PLCB1, SCN8A, KCNT1**, ST3GAL3,
TBC1D24, ARHGEF15, EEF1A2***, CBL, CSNK1G1, HCN1**, HNRNPU*,
MTOR, NEDD4L, IQSEC2*, DNM1***, GABRB3*, ALG13, SCN3A,
CACNA1A, PIGQ* ,CHD2, TSC1, TSC2, CACNB4, CASR, SLC2A1, GABRA1
Epilepsia generalizada con convulsiones febriles
plus
SCN1B, SCN1A, GABRG2, SCN2A, SCN9A, CPA6, GPR98
Epilepsia mioclónica
Infantil: TBC1D24
Juvenil: EFHC1, GABRA1
Progresiva: EPM2A, NHLRC1, CSTB, PRICKLE1, PRICKLE2, KCTD7,
SCARB2, GOSR2
Epilepsia focal (Autosómica dominante)
E. Familiar del lóbulo temporal: LGI1
E. Nocturna del lóbulo frontal: CHRNB2, CHRNA4*, CHRNA2, KCNT1**
Síndromes asociados a Epilepsia
Síndrome de Rett ó Rett-Like
MECP2, FOXG1, MBD5, MEF2C, CDKL5
Síndromes de Angelman, Angelman-like,
y Pitt-Hopkins
UBE3A, SLC9A6, TCF4*, NRXN1*, CNTNAP2
Síndrome de Mowat-Wilson
ZEB2
Lipofuscinosis neuronal ceroidea
CLN3, CLN6, TPP1, CLN8, CTSD*, PPT1, CLN5, MFSD8, DNAJC5
Hemiplejia alternante de la infancia
ATP1A2
Síndrome EAST/SeSAME
KCNJ10
Epilepsia asociada a retraso mental
CASK, GRIN2A, GRIN2B, SYN1**
Epilepsia rolándica asociada apraxia oromotora
SRPX2, RBFOX1
Epilepsia asociada a malformaciones cerebrales
ARX, NDE1, RELN*, DCX, PAFAH1B1, GPR56, MCPH1, CENPJ, ASPM,
SLC25A19, STIL, QARS, WDR62, TSEN54*, CASK, OPHN1, COL4A
Canalopatías asociadas a enfermedades
neurológicas
KCNA1, KCNJ11, KCNMA1, KCND2, KCNH5, CLCN4
Epilepsias neurometabólicas / mitocondriales
Epilepsia asociada a encefalomiopatía
mitocondrial
NDUFA1, POLG2, POLG
Epilepsia asociada a alteraciones
neurometabólicas
ADSL, ALG13, SLC25A12**, GATM*, FOLR1, MTHFR, BCKDK, ABAT,
SLC19A3, PHF6, PNPO, LIAS, ALDH7A1, ST3GAL5*
Todos los genes incluidos en el panel presentan una cobertura superior al 99%, excepto 14 genes que presentan coberturas superiores al
90%* , 5 genes con cobertura superior al 80%** y 2 genes con cobertura superior al 70%***
NIMGenetics S.L.
Parque científico de Madrid - C/Faraday, 7 (Campus de Cantoblanco) 28049 Madrid - +34 91 804 77 60 - CIF B-85332138