1. Ciencia

Bioinformática y Ontologías
 Hasta hace poco, el objetivo más importante de la
bioinformática era el almacenamiento, recuperación y análisis
de datos moleculares (e.g. secuencias de nucleótidos y
estructuras proteicas).
 Las tecnologías experimentales pasaron de producir datos
relativamente simples (e.g. secuencias de nucleótidos) a
producir datos mucho más complejos tales como imágenes e
interacciones moleculares.
 Surge la necesidad de establecer estándares y de formalizar el
conocimiento.
Nueva sintaxis:
cualidad de la entidad
( = Phenotype syntaxes)
 Ontología. Es un vocabulario controlado que consiste en
términos, sus definiciones y sus relaciones (MaBee et al. 2010).
 La ontología provee un vocabulario de comunicación del
conocimiento sobre diferentes tópicos y representaciones
computables de la realidad subyacente.
 Las ontologías modelan conceptos en términos de clases (tipo
de entidades) y relaciones (característica de la entidades).
 Las ontologías bien construidas facilitan la comunicación.
Ejemplo de desarrollo de estándares: ontologíasEjemplo basihyal
term name: basihyal
id: TAO:0000316
def: ”Endochondral bone that is the median and anteriorly projecting
element of the ventral hyoid arch."
synonym: "basihyoid"
synonym: "glossohyal"
xref: ZFA:0000316
Hueso
Endocondral
Arco hioideo ventral
Cartilago
basihyal
Parte de
Es un
Deriva de
basihyal
TAO: Teleost Anatomy ontology. Es una ontología anatómica de múltiples especies
para peces teleosteos. Lo desarrolló un grupo de investigadores en 2007.
 Clases/Términos son conceptos descriptos por las ontologías.
Forman parte de la ontología. Son entidades que uno quiere clasificar
o procesos que uno quiere relacionar con otros. Las estructuras
anatómicas son ejemplos de clases o términos. Por ejemplo: fémur.
 Relaciones/ Tipo de relaciones . Entre los términos se establecen
relaciones. Los tipos de relaciones más frecuentes son: is_a (es un/a)
y part of (parte de).
 Links. Cuando dos términos tienen relación uno con otro y esa
relación es direccional se la denomina “link”.
 Las primeras relaciones usadas en TAO (Teleost Anatomy






Ontology):
“is_part_of ” y “develops from”
Recientemente incorporaron nuevas relaciones anatómicas:
Overlaps: para representar uniones,
homologous_to –
attached_to
connected_to