El modelo genético básico Efectos genéticos Jorge I. Urioste Bases para el mejoramiento genético animal Manipulación de las diferencias biológicas entre los animales con el objetivo de maximizar el beneficio económico a corto y largo plazo Diferencias: genéticas y no genéticas (ambientales) Cómo se pueden manipular: el objetivo de este curso Motivación: qué observamos? 0 0 0 40 36 0 PD-205 32 28 0 0 0 24 20 16 0 PD 12 40 1600 1400 1200 1000 800 600 400 200 0 80 Frecuencia Peso al destete, Aberdeen Angus kg 1 Introducción Importancia del concepto de VARIACIÓN: qué significa en las actividades agropecuarias Nuestro OBJETIVO: modificar las poblaciones animales en nuestro beneficio Para ello: estamos interesados en la variación genética Introducción Nuestro PROBLEMA: ¿cómo modificar la constitución genética de nuestros animales (no visible) a nuestro favor, a partir de la variación que podemos apreciar? Para resolverlo: hacernos una idea del mérito genético de los distintos genotipos Objetivo de la clase Definir un modelo conceptual que explique la variación observada Distinguir los componentes genéticos del modelo 2 I. Conceptos importantes 1. Caracteres cualitativos Diferencias obvias (leyes de Mendel) Describen una cualidad Los individuos pueden ser clasificados Variación discreta Controlados por pocos genes (1, 2, 3) y de gran efecto (Aa, Bb) El medio ambiente no afecta lo suficiente para confundir los genotipos 2. El modelo propuesto por la genética cuantitativa Caracteres cuantitativos (productivos): diferencias de grado Depende de muchos genes (Aa, Bb, Cc, Dd…) Efectos pequeños de cada uno de ellos El fenotipo es además modificado por causas ambientales No se pueden clasificar en categorías definidas: variación continua Dado el fenotipo, no se puede conocer con seguridad el genotipo Necesidad de utilizar modelos genéticos y estadísticos 3 3. Frecuencias Frecuencias génicas (p, q): proporción de Frecuencias genotípicas (P, Q, H): proporción de animales que pertenecen a un genotipo alelos presentes en cada locus, a nivel poblacional 4. Equilibrio Hardy-Weinberg Diploide a haploide A1A1 A1A2 A2A2 Frecuencia P H Q 1 Frec. (A1) P ½H - p Frec. (A2) - ½H Q Suma q p+q=1 A1 Haploide a diploide A1 (p) A1A1(p2) Óvulos A2 A1A2 (pq) Espermat. A2 (p) P=p2 H=2pq A1A2 (pq) A2A2 (q2) Q=q2 4. Cambios en el equilibrio Mutación, migración, deriva, selección La que más nos interesa es la selección: ¾ Proceso de reproducción diferencial entre los individuos de la población La frecuencia génica de la población seleccionada decidirá las futuras frecuencias génicas y genotípicas 4 Modelizando la realidad… El animal individual La población animal Inferencia ... Información ... II. El modelo básico (individuo) El modelo básico P = valor fenotípico, observable, medible E = efecto ambiental, no observable P = G + E + (G x E) G = valor genotípico, constitución genética del individuo G x E = interacción genotipo-ambiente Suma de pequeños efectos de G y E! 5 Partición del genotipo Observar: los padres transmiten alelos, no su propia combinación. Por lo tanto: primariamente nos interesa el valor de los alelos actuando en forma independiente (aditiva). Efectos aditivos (A) Modelo muy simple: un locus, 2 alelos (frecuencias p y q), equilibrio H-W: Definimos: Punto medio (m): valor genotípico medio de los homocigotas Valor genotípico (relativo) gij: Media poblacional (como desvío de m): m=(y11+y22)/2 gij=yij-m μ=Σgij x f(gij)=a(p-q)+2pqd Efecto medio de un alelo (en la población) En el contexto del mejoramiento genético, el efecto de cada alelo en el pool genético de la población es lo que importa, más que el efecto de genotipos individuales Recordar: los individuos pasan alelos, no genotipos 6 Efecto medio de un alelo (en la población) ♂ Ejemplo: supongamos una población en equilibrio H-W constituida por vacas.¿Qué sucede si las apareamos con un toro A1A1? gij f(A1)=1 A1A1 A1A2 ♀ A2A2 f(A1)=p f(A1A1)=p a f(A2)=q f(A1A2)=q d Media original (μg0): Nueva media pobl. (μg1): a(p-q) + 2pqd pa + qd Observar: Solo se producen genotipos A1A1 y A1A2 Tantos A1A1 en g1 como p existan en g0 (tantos A1A2 “ q “ ) Se produce un cambio: μg1-μg0 = ? Nueva media μg1: μg1=pa + qd Como desvío de la media original μg0 : α A = q {a + d ( q − p )} 1 Efecto medio de un alelo Ese cambio de una generación a otra, logrado al introducir el alelo A1 en la población, es el efecto medio de A1 ( se simboliza αA1) Para A2: μ g = pd − qa αA2 expresado como desvío de g0 1 α A = − p {a + d ( q − p )} 2 7 De qué depende? El efecto de cierto alelo dependerá de: La frecuencia con la cual integrará distintos genotipos Los valores genotípicos (a, -a, d) que esos genotipos tienen Observar: depende de las frecuencias, por lo tanto es dependiente de la población concreta Æ en distintas poblaciones da distintos resultados Efecto medio de un genotipo en la población – Valor de Cría Concepto central: es una medida de la intensidad de la mejora genética al usar el reproductor de referencia Definición 1: Cada individuo tiene 2 alelos en un mismo locus. El efecto medio de sus 2 alelos al combinarse en la población, constituye su Valor de Cría (VC o A) Para n loci: A( A1 A2 ) = (α A1 + α A2 ) A( A1 A1 ) = 2α A1 A( A2 A2 ) = 2α A2 n A = ∑ (α i1 + α i2 ) i =1 Desvíos de dominancia (D) Los valores genotípicos G no son iguales a A, debido fundamentalmente a que A es un promedio de todos los efectos medios de los alelos incluidos en los genotipos Para explicar la diferencia: desvíos de dominancia (interacciones intra-loci) G=A+D ÆD=G-A 8 Desvíos de dominancia (D) D en términos de frecuencias génicas: D( A1 A1 ) = −2q 2 d D( A1 A2 ) = 2 pqd D( A2 A2 ) = −2 p 2 d Desvíos de dominancia a d D D m α A G D -a 0 A2A2 1 2 A1A2 A1A1 Modelo con varios loci – desvío de epistasis Epistasis: efectos especiales de combinación entre alelos en diferentes loci (interacción interloci). Hay varios tipos (AxA, AxD, etc.) 1 locus: Pi = Gi + Ei Pi = Ai + Di + Ei Varios loci: Pi = Ai + Di + Ii + Ei 9 Ilustración gráfica de efectos genéticos Dom. x Ad. x Ad. locus Ad. X Ad. Ef. aditivo Ad. X Dom. Ef. dominancia Dom. x Dom. III. El modelo en términos de varianzas (población) El modelo en términos de varianzas Idea básica: Subdividir la variación poblacional en subcomponentes atribuibles a diferentes causas La magnitud relativa de esos componentes determinará las propiedades genéticas de la población y nuestra manera de analizarla (se verá más adelante en el curso: parámetros, evaluación genética, etc.) Recordar: lo que nos interesa es la variación genética entre individuos (es lo que hace posible la selección) 10 El modelo en términos de varianzas De manera equivalente al modelo de efectos genéticos y ambientales a nivel de individuo, existe un modelo poblacional, expresado en términos de componentes de varianza: VP = VG + VE VP = VA + VD + VI + VE VA = 2pqα2 Existe una explicación génica para los componentes: VD = (2pqd)2 Si G y E no actúan aditivamente: Efectos especiales de combinación P=G+E+GxE VP = VG + VE + VGxE Ejemplo: Razas A y B Ambientes E1 y E2 E1 (j) E2(j’) A (i) 70 120 B (i’) 50 60 Cuántos genes intervienen en la producción de leche? Movilización reservas Estrógeno Apetito Sed Hormonas Absorción nutrientes Velocidad de síntesis El gran nº de genotipos posibles imposibilita considerar genes particulares Descripción del efecto conjunto de los genes a través de la ESTADÍSTICA (medias, varianzas, distribuciones) 11 Una aplicación 32 39 45 35 39 50 Peso promedio Varianza: = = Desvío estándar: 29 37 35 34 36 38 50 + 45 + 39 + ... + 29 = 37.4 kg 12 ( 50 − 37.4 ) 2 + ... + ( 29 − 37.4 ) 2 12 − 1 = 31.55kg 2 68% = 31.55 = 5.6kg -6 -4 -2 0 2 4 6 Resumen y conclusiones La variación se puede explicar en términos de frecuencias y efectos génicos A partir de ellos, construcción de un modelo que describe el valor fenotípico observado: P = G + E Diferenciamos: Valor genético G: el valor genético del animal para él mismo Valor de Cría A: el valor de los genes del animal para su progenie Resumen y conclusiones Dominancia, epistasis y ambiente: no transmisibles También hay un modelo poblacional, que nos permitirá hacer inferencias (predicciones) sobre los animales VP = VA + VD + VI + VE Muchos genes involucrados: uso de la Estadística (más sencillo!!??) 12
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