Mejorando la vigilancia de la transmisión de la TB con estrategias
Mejorando la vigilancia de la transmisión de la TB con estrategias moleculares y genómicas Darío García de Viedma Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón XIX Taller internacional sobreTB BCN 23-24 Nov 2015 Diagnóstico precoz Tratamiento adecuado Control de la transmisión MTB MNTs RIF INH Quinolonas Estreptomicina Kanamicina Diagnóstico precoz Tratamiento adecuado Control de la transmisión Diagnóstico precoz Tratamiento adecuado Control de la transmisión Epidemiología molecular TB Cluster 1 MPH-200500000527 Cadenas de transmisión Casos de TB debidos a transmisión reciente Cluster 2 Diagnóstico precoz Tratamiento adecuado Control de la transmisión Estudio de contactos Intervención 10 20 Precoz???? EPI MOLECULAR 30 40 50 60 70 80 (días) MIRU-VNTR (Variable number tandem repeats) MIRU A 150 pb 50pb PCR No repetitions electrophoresis Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E Strain F 150 pb 200 pb 250 pb 300 pb 350 pb 400 pb MIRU-type: 246684848883434578741126 0 1 2 3 4 5 MIRU-VNTR Estudio de contactos Intervención 10 20 RFLP 30 40 50 60 70 80 (días) 4 días 2007-2009 MIRU-type: 153314243232325115675916 153 314 Almería Fluorescent Triplex-PCR: 243 232 325 115 675 916 MIRU-type: 153314243232325115675916 Secuenciación de Genoma Completo Métodos de genotipado actuales 0.03% 4.4Mb Poder de discriminación máximo WGS Align to H37Rv Cepas huérfanas SNPs Single Nucleotide Polimorfisms VS Cluster 2006 225133263335444432677423 2007 2008 2012 2013 225133263335444432677423 225133263335444432677423 225133263335444432677423 225133263335444432677423 Subclusters Más consistentes con vínculos epidemiológicos y distribución geográfica de los casos Epidemiología molecular basada en PCR Rapidez para intervención Epidemiología genómica basada en WGS Alta discriminación SNP call Align to H37Rv PCR Priorizar vigilar específica de cepas de interés como alternativa del genotipado de toda la población IDENTIFICACIÓN DE CLUSTERS ACTIVOS NO CONTROLADOS PACIENTE ID latitud longit 706 36,846848 -2,43903 166 36,847622 -2,431053 176 36,848117 -2,431711 1027 36,848954 -2,450219 1027 36,849664 -2,452592 291 36,853268 -2,440572 620 36,930058 -2,459445 362 36,998741 -1,891973 601 37,330388 -2,435772 1123 37,331108 -2,304269 1086 37,347682 -2,440023 700 37,354519 -2,297269 IDENTIFICACIÓN DE CLUSTERS ACTIVOS NO CONTROLADOS Clustered cases Identificación SNPs específicos de cepa Identificación SNPs específicos de cepa 1 2 3 WGS WGS WGS Cepa B Comparación con cepa de referencia - Comparación de los SNPs de cada cepa con SNPs de base de datos global (300 cepas) 1 REF CxA Rv0102 2 B B 3 Identificación de SNPs SNP específico de cepa B Targeted-Regional-Alelle specific PCR (TRAP) Targeted gene Rv0102 Strain other than B Strain B R1 PS1 C G 171 bp PS1 C T R1 No amplification Targeted gene Strain other than F PS2 R2 C G 334 bp Rv2839 PS2 Strain F R2 C A No amplification TRAP 334 bp 171 bp NoB B noF F Targeted-Regional-Alelle specific PCR (TRAP) Optimización: HGUGM 1 Aplicación: H Torrecárdenas 2 Targeted-Regional-Alelle specific PCR (TRAP) Optimización: HGUGM 1 Aplicación: H Torrecárdenas 2 TRAP Strain F Aislados 2013-2014 Strain B pre-2013 Aislados Métodos de genotipado “a medida” para optimizar la vigilancia de cepas específicas a nivel local 1. Cepas en transmisión local activa 2. Cepas de alto riesgo Alta transmisibilidad/virulencia Multirresistentes Vigilancia específica de cepa de alta transmisibilidad/virulencia Infección activa persistente 8 años Mala adherencia Beijing 225133263335444432677423 MTB+ 5.5% 8.1% 16.4% 27.1% 1993 1994 1996 1995 Rastreo rápido de cepa de alta transmisibilidad 225133263335444432677423 GC-SNP1 GC-SNP-2 GC-SNP3 + SNP específico de Beijing 25% población de Madrid 868 aislados 6 años (2009-14) 1 semana 1 euro/muestra Rastreo rápido de cepa de alta transmisibilidad 2006 2007 2008 2012 2013 2 casos GC-linked 225133263335444432677423 225133263335444432677423 Ausencia de transmisión a pesar de oportunidades Métodos de genotipado “a medida” para optimizar la vigilancia de cepas específicas a nivel local 1. Cepas en transmisión local activa 2. Cepas de alto riesgo Alta transmisibilidad/virulencia Multirresistentes Rastreo prospectivo de MDR-TB GUINEA ECUATORIAL 10 inmigrantes guineanos viviendo en 6 ciudades españolas diferentes (2000-08) Todos infectados por la misma cepa MDR En 2014 dos casos guineanos MDR en Madrid MDR-GE Other GE-R Rastreo prospectivo de MDR-TB MDRGE-SNP1 MDRGE-SNP-2 MDRGE-SNP3 MDRGE-SNP4 + MutRIF-R 531 No disponibilidad de cultivos Almería 18/34 aislados resistentes corresponden a la cepa GE Rastreo de ancestro de MDR-TB Rastreo rápido de colección Barcelona (1999-2001) Cepa GE-R Almería 23-Sept 2015 3 años Prostitución 1 MDR Demora diagnóstica 24-Sept 2015 2 Rusia MDR Prostitución 27272438393944447743663 27224438393944447746663 TRAP CEPA MDR Almería 23-Sept 2015 3 años Prostitución 1 MDR Demora diagnóstica TRAP CEPA MDR 24-Sept 2015 2 Rusia MDR Prostitución 2 importaciones independientes 27272438393944447743663 27224438393944447746663 Beijing TRAP MDR Beijing1 TRAP MDR Beijing 2 Recepción MGIT desde Almería Purificación DNA Envio a FISABIO Obtención y validación librerías Run de secuenciación Identificación de SNPs específicos Cribado SNPs con cepas Rusia Diseño y petición primers Recepción primers TRAP MDR Beijing1 TRAP MDR Beijing 2 Almería Cepa Bj rusa II NO cepa Bj rusa II Cepa Bj rusa I NO cepa Bj rusa I Puesta a punto ASO-PCR: 1 semana Nuevo modelo de vigilancia multinodal Guinea Ecuatorial MDR Prisiones Panamá MDR Perú MDR/XDR Argentina Sant Petersbourg Igor Mokrousov M Martinez Lirola Griselda Tudó Juliá González Laura Perez, Marta Herranz, Yurena Navarro Iñaki Comas Maria Jesus Ruiz Serrano Paula López Roa Juan Eyene Santiago Izco Además de la optimización en la precisión para asignar clusters Cronología 225133263335444432677423 225133263335444432677423 225133263335444432677423 225133263335444432677423 225133263335444432677423 225133263335444432677423 Cluster Además de la optimización en la precisión para asignar clusters Cronología Establecer el orden de transmisión basados en la adquisición secuencial de SNPs Los SNPs adquiridos no revierten Además de la optimización en la precisión para asignar clusters Cronología TACGTTA AACCTTA AACGTTA AACCCTA AACCCTG TTCGTTA Además de la optimización en la precisión para asignar clusters Cronología TACGTTA AACGTTA AACCTTA TTCGTTA AACCCTA AACCCTG Dos cadenas independientes desde un mismo caso índice Además de la optimización en la precisión para asignar clusters Aspectos relevantes a los que no teníamos acceso 1. Chronología 2. Topología Supertransmisor
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