1. Educación

PROYECTO DOCENTE
ASIGNATURA:
"Informática Aplicada a la Biología"
Titulación: Grado en Biología (1º curso)
Curso: 2014 – 2015
PROFESORADO, HORARIOS y AULAS (ver última página)
CONTENIDOS DE LA ASIGNATURA
Relación sucinta de los contenidos (bloques temáticos en su caso):
1.- Manejo básico de una hoja de cálculo (EXCEL o similar).
2.- Introducción a las bases de datos.
3.- Introducción a algunas herramientas informáticas de cálculo matemático y
simulación, de utilidad en Biología (MATLAB o similar).
4.- Herramientas informáticas para el cálculo numérico elemental.
5.- Resolución con ordenador de ecuaciones diferenciales.
6.- Introducción al cálculo simbólico.
Relación detallada y ordenación temporal de los contenidos:
Parte a desarrollar en las sesiones de Teoría (26 horas):
Tema 1. Introducción. Bioinformática y Biocomputación. Motivación histórica.
(aprox 1 hora)
Parte 1: Bioinformática (aprox. 13 horas).
Tema 2. Introducción básica a los ordenadores. Elementos del software.
(aprox. 1 hora).
Tema 3. Bases de datos. Algoritmos y diagramas de flujo. Introducción a la
programación (aprox. 8 horas).
Tema 4. Sistemas binario y decimal. Errores. Internet (aprox. 4 horas)
Parte 2: Biocomputación (aprox. 12 horas).
Tema 5. Modelado de la realidad. Introducción a los sistemas dinámicos.
Modelos simples en sistemas biológicos (I): modelos matriciales y
modelos discretos unidimensionales (aprox. 5 horas).
Tema 6. Modelos simples en sistemas biológicos (II): modelos continuos.
Conceptos básicos. Modelos de poblaciones: ecuación logística,
modelos de pesca, modelos depredador-presa. Otros modelos.
Software de simulación de sistemas dinámicos (aprox. 7 horas).
Parte a desarrollar en las sesiones de Práctica (30 horas):
Tema 0. Introducción (1,5 horas aprox.)
Introducción a la Enseñanza Virtual.
Tema 1. MATLAB 1 (8,5 horas aprox.)
Introducción. Tipos de datos. Operaciones elementales.
Introducción al cálculo simbólico.
Funciones matemáticas intrínsecas. Variables. Vectores y matrices.
Sistemas lineales. Gráficas y curvas de ajuste.
Cálculo numérico con MATLAB: raíces de ecuaciones, extremos de una
función.
Introducción a la programación.
Tema 2. PERL (2,5 horas aprox.)
Introducción al manejo de cadenas de caracteres.
Tema 3. OpenOffice Calc (11 horas aprox.)
Introducción. Fórmulas y funciones. Referencias absolutas y relativas.
Gráficas y recta de regresión.
Funciones lógicas. Bases de datos: filtros, ordenación. Funciones de
bases de datos.
Resolución numérica de modelos discretos unidimensionales de
sistemas biológicos. Interpretación de resultados. Ejemplos de modelos
aplicados a la Biología.
Tema 4. MATLAB 2 (5 horas aprox.)
Resolución numérica de modelos de Leslie y modelos continuos de
sistemas biológicos. Interpretación de resultados. Ejemplos de modelos
aplicados a la Biología.
Tema 5. Bases de datos con interés en Biología. Ejemplos prácticos
(1'5 horas aprox.)
BIBLIOGRAFÍA Y OTROS RECURSOS DOCENTES
Bibliografía general:
1. Bioinformática: simulación, vida artificial e inteligencia artificial,
Autores: R. Lahoz-Beltrá.
Edición: Ed. Diaz de Santos, 2004.
Bibliografía específica:
2. Introducción a la Bioinformática
Autores: Attwood, T.K., y Parry-Smith, D.J.
Edición: Prentice-Hall, 2002
3. Bioinformatics for dummies
Autores: Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame.
Edición: Indianapolis, IN : Wiley Pub., 2007.
4. Resolución de problemas en ingeniería química y bioquímica con
POLYMATH, Excel y MATLAB.
Autores: Michael B. Cutlip, Mordechai Shacham.
Edición: Ed. Pearson Educación, cop., 2008.
5. Calculus for Biology and Medicine.
Autores: Neuhauser, C. Edición: Ed. Pearson Education (2ª edición), 2004
6. Fundamentos de Programación Perl
Autores: Wyke, R. Allen & Thomas, Donald
Edición: Osborne MacGraw-Hill, 2002
7. OpenOffice.org 3.1: Writer y Calc.
Autores: Varios autores.
Edición: Ed. MAD, 2009.
8. HOJAS DE CALCULO 00-CALC
Autores: MARTINEZ PEREZ, FRANCISCO (coordinador)
Edición: Ed. Club Universitario, 2010 Publicación: e-libro
(recurso electrónico)
Otros recursos docentes:
• Manual de OpenOffice Calc de Valentín Roldán y Máximo Prudencio:
http://www.um.es/docencia/barzana/PRACTICAS/PDF/OpenOffice_Calc.pdf
• Manual de OpenOffice Calc del Grupo Universitario de GNU/Linux de Entre Ríos:
http://es.tldp.org/Manuales-LuCAS/doc-manual-OOCalc/Calc.pdf
• OpenOffice Calc a tu alcance de Antonio Roldán Martínez:
http://www.lulu.com/items/volume_66/6166000/6166296/14/print/6166296.pdf
• Tutorial de introducción a Perl (en español) de F. Javier García, Pedro A. Castillo
y Juan J. Melero: http://flanagan.ugr.es/perl
• Tutoriales de PERL en español: http://perlenespanol.com/tutoriales/
• Aprenda Matlab como si estuviera en primero de Javier García de Jalón, José
Ignacio Rodríguez, Jesús Vidal (Univ. Politécnica de Madrid):
http://www.etnassoft.com/biblioteca/aprenda-matlab-como-si-estuviera-en-primero/
SISTEMAS Y CRITERIOS DE EVALUACIÓN Y CALIFICACIÓN
Sistema de evaluación:
•
•
•
•
Exámenes intermedios:
Valorando la adquisición de las competencias y conocimientos que
persigue la materia.
Realización de ejercicios:
Propuestos tanto para las sesiones presenciales como para trabajo
individual del alumno.
Examen final del programa completo:
Examen final del programa completo de la asignatura para los alumnos
que no aprueben por curso y para los de las convocatorias
extraordinarias.
Asistencia a las clases:
Se valorará la asistencia a clase.
Criterios de calificación:
La asignatura podrá aprobarse a través de dos vías:
Primera vía: con anterioridad a la primera convocatoria, mediante la realización
de dos pruebas parciales de seguimiento.
Cada prueba parcial consistirá tanto en preguntas teóricas como prácticas y se
realizará en horario de prácticas. La nota final de cada prueba será la
ponderación de la nota de la parte práctica y de la teórica, de acuerdo a 60%
las prácticas y 40% la teoría.
Para superar la asignatura por esta vía, será necesario obtener una calificación
igual o superior a 5 en cada prueba parcial. Además, se valorará una
participación activa en las clases.
La calificación final de la asignatura será la resultante de sumar el 40% de la
nota de la primera prueba parcial y el 60% de la nota de la segunda.
Segunda vía: si no se ha aprobado usando la opción anterior, deberá hacerse a
través de los exámenes de convocatorias oficiales (ver fechas de exámenes).
El examen final de la 1ª convocatoria (enero/febrero) constará de dos partes.
En cada parte entrará la materia teórica y práctica correspondiente a cada
prueba intermedia y el alumno podrá presentarse, sólo a aquella parte que
tenga suspensa. Esto sólo será posible en esta convocatoria.
El alumno que quiera subir nota podrá hacerlo en el examen final de la 1ª
convocatoria presentándose a la asignatura completa.
En la 2ª y 3ª convocatorias (septiembre y diciembre, respectivamente) los
alumnos deberán presentarse a la asignatura completa.
La calificación final, por esta segunda vía, se obtendrá utilizando los mismos
criterios contemplados en la primera vía.
CALENDARIO DE EXÁMENES:
•
1 ª Convocatoria Fecha: 22/01/2015 Centro: Fac. Biología
•
2 ª Convocatoria Fecha: 07/09/2015 Centro: Fac. Biología
•
3 ª Convocatoria Fecha: 05/12/2014 Centro: Fac. Biología
Anotaciones relativas al calendario de exámenes:
Se realizarán dos pruebas parciales de seguimiento. Cada prueba consistirá en
un examen con una parte teórica y otra práctica. Estas pruebas se realizarán
en horario de las clases prácticas, en las siguientes fechas, aproximadamente:
Prueba Intermedia 1: Entre el 10/11/2014 y el 13/11/2014.
Prueba Intermedia 2: Entre el 08/01/2015 y el 13/01/2015.