Bioinformática y Ontologías Hasta hace poco, el objetivo más importante de la bioinformática era el almacenamiento, recuperación y análisis de datos moleculares (e.g. secuencias de nucleótidos y estructuras proteicas). Las tecnologías experimentales pasaron de producir datos relativamente simples (e.g. secuencias de nucleótidos) a producir datos mucho más complejos tales como imágenes e interacciones moleculares. Surge la necesidad de establecer estándares y de formalizar el conocimiento. Nueva sintaxis: cualidad de la entidad ( = Phenotype syntaxes) Ontología. Es un vocabulario controlado que consiste en términos, sus definiciones y sus relaciones (MaBee et al. 2010). La ontología provee un vocabulario de comunicación del conocimiento sobre diferentes tópicos y representaciones computables de la realidad subyacente. Las ontologías modelan conceptos en términos de clases (tipo de entidades) y relaciones (característica de la entidades). Las ontologías bien construidas facilitan la comunicación. Ejemplo de desarrollo de estándares: ontologíasEjemplo basihyal term name: basihyal id: TAO:0000316 def: ”Endochondral bone that is the median and anteriorly projecting element of the ventral hyoid arch." synonym: "basihyoid" synonym: "glossohyal" xref: ZFA:0000316 Hueso Endocondral Arco hioideo ventral Cartilago basihyal Parte de Es un Deriva de basihyal TAO: Teleost Anatomy ontology. Es una ontología anatómica de múltiples especies para peces teleosteos. Lo desarrolló un grupo de investigadores en 2007. Clases/Términos son conceptos descriptos por las ontologías. Forman parte de la ontología. Son entidades que uno quiere clasificar o procesos que uno quiere relacionar con otros. Las estructuras anatómicas son ejemplos de clases o términos. Por ejemplo: fémur. Relaciones/ Tipo de relaciones . Entre los términos se establecen relaciones. Los tipos de relaciones más frecuentes son: is_a (es un/a) y part of (parte de). Links. Cuando dos términos tienen relación uno con otro y esa relación es direccional se la denomina “link”. Las primeras relaciones usadas en TAO (Teleost Anatomy Ontology): “is_part_of ” y “develops from” Recientemente incorporaron nuevas relaciones anatómicas: Overlaps: para representar uniones, homologous_to – attached_to connected_to
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